Thanh tra thuế doanh nghiệp FDI liên quan đến giao dịch liên kết với công ty mẹ đã trở thành một trọng tâm kiểm tra của cơ quan thuế Việt Nam trong những năm gần đây. Nhiều doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đã nhận quyết định truy thu thuế kèm tiền chậm nộp, có trường hợp còn phải đối diện rủi ro pháp lý nặng nề hơn, trong khi nguyên nhân ban đầu chỉ là những sai sót tưởng như thuần túy kỹ thuật trong hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Phần phân tích dưới đây đi thẳng vào những điểm rủi ro mà doanh nghiệp FDI cần nhận diện và xử lý từ sớm.
1. Tại sao giao dịch liên kết với công ty mẹ thường bị thanh tra thuế siết chặt?
1.1. Bản chất của giao dịch liên kết trong doanh nghiệp FDI
Giao dịch liên kết của doanh nghiệp FDI là các giao dịch thương mại hoặc tài chính giữa doanh nghiệp tại Việt Nam với những bên có quan hệ liên kết, thường là công ty mẹ, công ty anh em hoặc các pháp nhân khác trong cùng tập đoàn ở nước ngoài. Điểm cốt lõi nằm ở chỗ giá của các giao dịch này không hình thành từ cơ chế thị trường độc lập mà do nội bộ tập đoàn quyết định.
Cũng chính vì vậy, lợi nhuận có thể được dịch chuyển giữa các quốc gia theo hướng có lợi nhất về thuế, và đó là lý do cơ quan thuế luôn đặt chuyển giá của doanh nghiệp FDI vào diện giám sát ưu tiên. Một doanh nghiệp khai lỗ liên tục, hoặc có biên lợi nhuận thấp bất thường so với mặt bằng ngành, thường đã đủ tín hiệu để kích hoạt một cuộc thanh tra chuyên sâu.
1.2. Mục tiêu của cơ quan thuế khi thanh tra chuyển giá
Mục tiêu trực tiếp của thanh tra không nằm ở việc xác định doanh nghiệp “có tội” hay không. Điều cơ quan thuế kiểm tra là giá giao dịch giữa các bên liên kết có tuân thủ nguyên tắc giá thị trường độc lập theo quy định tại Nghị định 255/2026/NĐ-CP về quản lý thuế đối với các giao dịch liên kết (thay thế Nghị định 132/2020/NĐ-CP từ ngày 01/7/2026) hay không. Khi xác định giá giao dịch không phản ánh đúng thực tế thị trường, cơ quan thuế có quyền ấn định lại thu nhập chịu thuế. Thẩm quyền này được quy định tại Điều 21 Nghị định 255/2026/NĐ-CP. Khoản 3 của Điều này đáng được đọc kỹ, vì nó cho phép cơ quan thuế ấn định ngay khi doanh nghiệp không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, cung cấp hồ sơ:
“3. Cơ quan thuế có quyền ấn định mức giá; tỷ suất lợi nhuận; tỷ lệ phân bố lợi nhuận; thu nhập chịu thuế hoặc số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp đối với người nộp thuế không tuân thủ quy định về kê khai, xác định giao dịch liên kết; không cung cấp hoặc cung cấp không đầy đủ thông tin, dữ liệu kê khai xác định giá giao dịch liên kết trong các trường hợp sau:
a) Người nộp thuế không kê khai, kê khai không đầy đủ thông tin, kê khai sai thông tin hoặc không nộp Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này;
b) Người nộp thuế cung cấp không đầy đủ thông tin Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết quy định tại Phụ lục II, Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này hoặc không xuất trình Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết và các dữ liệu, chứng từ và tài liệu được sử dụng làm căn cứ phân tích, so sánh, xác định giá tại Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo yêu cầu của cơ quan thuế trong thời hạn theo quy định tại Nghị định này. (…)”
Hệ quả của việc bị ấn định thuế giao dịch liên kết thường rất lớn. Ngoài phần thuế bị truy thu, doanh nghiệp còn phải nộp tiền chậm nộp tính theo từng ngày. Nếu cơ quan chức năng xác định có yếu tố cố ý gian lận, nguy cơ bị xem xét trách nhiệm hình sự về tội trốn thuế theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 là có thật. Trong giao dịch xuyên biên giới, ranh giới giữa tối ưu thuế hợp pháp và hành vi trốn thuế đôi khi rất mỏng, và điều quyết định doanh nghiệp đứng ở phía nào phần lớn là chất lượng hồ sơ xác định giá.
2. Các rủi ro trọng yếu khi thanh tra thuế doanh nghiệp FDI
2.1. Rủi ro từ phí quản lý và phí bản quyền xuyên biên giới
Trong các cuộc thanh tra thuế doanh nghiệp FDI, nhóm chi phí bị soi xét nhiều nhất là phí quản lý nội bộ tập đoàn và phí bản quyền trả cho công ty mẹ. Các khoản này thường có giá trị lớn, khó định lượng theo chuẩn mực thị trường, và dễ bị sử dụng để chuyển lợi nhuận ra khỏi Việt Nam dưới danh nghĩa chi phí hợp pháp.
Cơ quan thuế sẽ xem xét kỹ dịch vụ quản lý hay quyền sở hữu trí tuệ mà doanh nghiệp trả phí có thực sự mang lại giá trị kinh tế tương ứng hay không. Nếu doanh nghiệp không chứng minh được bản chất và lợi ích cụ thể của những dịch vụ này, toàn bộ chi phí có thể bị loại khỏi phần được trừ khi tính thuế. Hệ quả là doanh nghiệp bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp trên phần chi phí bị bác. Điều kiện để chi phí dịch vụ giữa các bên liên kết được trừ được quy định tại điểm a khoản 2 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP:
“a) Trừ các khoản chi quy định tại điểm b khoản này, người nộp thuế được trừ các khoản chi phí dịch vụ vào chi phí tính thuế trong kỳ nếu đáp ứng đủ các điều kiện như sau: Dịch vụ được cung cấp có giá trị thương mại, tài chính, kinh tế và phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế; dịch vụ từ các bên liên kết được xác định đã cung cấp trong điều kiện hoàn cảnh tương tự các bên độc lập chi trả cho các dịch vụ này; phí dịch vụ được thanh toán trên cơ sở nguyên tắc giao dịch độc lập và phương pháp tính giá giao dịch liên kết hoặc phân bổ mức phí dịch vụ giữa các bên liên kết phải được áp dụng thống nhất trong toàn tập đoàn đối với loại hình dịch vụ tương tự và người nộp thuế phải cung cấp hợp đồng, chứng từ, hóa đơn và thông tin về phương pháp tính, yếu tố phân bổ và chính sách giá của tập đoàn đối với dịch vụ được cung cấp.”
2.2. Khống chế chi phí lãi vay và vấn đề vốn mỏng
Rủi ro thuế của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài còn đến từ cơ cấu tài chính nội bộ tập đoàn. Nhiều doanh nghiệp FDI được cấp vốn chủ yếu bằng khoản vay từ công ty mẹ thay vì vốn góp chủ sở hữu, một cơ cấu thường được gọi là “vốn mỏng”. Lãi vay phát sinh từ các khoản vay này được hạch toán vào chi phí kinh doanh, qua đó làm giảm thu nhập chịu thuế tại Việt Nam. Pháp luật khống chế phần chi phí lãi vay được trừ tại khoản 3 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP:
“3. Tổng chi phí lãi vay được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết:
a) Tổng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ của người nộp thuế được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ cộng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ cộng chi phí khấu hao phát sinh trong kỳ của người nộp thuế;
b) Phần chi phí lãi vay không được trừ theo quy định tại điểm a khoản này được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi xác định tổng chi phí lãi vay được trừ trong trường hợp tổng chi phí lãi vay phát sinh được trừ của kỳ tính thuế tiếp theo thấp hơn mức quy định tại điểm a khoản này. Thời gian chuyển chi phí lãi vay tính liên tục không quá 05 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh chi phí lãi vay không được trừ; (…)”
Doanh nghiệp không nắm rõ ngưỡng này, hoặc không theo dõi sát số liệu qua từng kỳ, rất dễ bị truy thu khi thanh tra.
2.3. Rủi ro bị ấn định thuế khi không chứng minh được tính thị trường
Ấn định thuế giao dịch liên kết là biện pháp cơ quan thuế áp dụng khi doanh nghiệp không đưa ra được cơ sở hợp lý để chứng minh giá giao dịch phù hợp với nguyên tắc thị trường độc lập. Trong thanh tra chuyển giá, đây là rủi ro trực tiếp và nặng nề nhất. Bên cạnh các trường hợp không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, cung cấp hồ sơ tại khoản 3 Điều 21 Nghị định 255/2026/NĐ-CP đã trích ở mục 1.2, khoản 2 của Điều này quy định cách thức cơ quan thuế tiến hành ấn định:
“2. Cơ quan thuế căn cứ các nguyên tắc phân tích, so sánh, nguyên tắc và phương pháp xác định giá giao dịch liên kết được quy định tại Nghị định này và các thông tin kê khai nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp có giao dịch liên kết để thực hiện ấn định thuế trong các trường hợp sau:
a) Người nộp thuế vi phạm pháp luật về thuế nhưng thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ: Việc ấn định doanh thu, chi phí hoặc thu nhập chịu thuế để xác định nghĩa vụ thuế được thực hiện theo các nguyên tắc phân tích, so sánh, nguyên tắc và phương pháp xác định giá giao dịch liên kết và cơ sở dữ liệu sử dụng trong quản lý giá giao dịch liên kết quy định tại Nghị định này; (…)”
Điều đó có nghĩa là khi bị ấn định, mức giá và lợi nhuận của doanh nghiệp vẫn được xác định lại bằng chính các phương pháp và cơ sở dữ liệu của Nghị định. Khác biệt nằm ở chỗ phân tích lúc này là của cơ quan thuế, không còn là của doanh nghiệp.
Hậu quả cũng không dừng ở truy thu và tiền chậm nộp. Trường hợp cơ quan chức năng xác định có dấu hiệu gian lận thuế có tổ chức, hoặc cố ý chuyển dịch lợi nhuận trái phép ra nước ngoài với quy mô lớn, vụ việc có thể được chuyển sang xử lý hình sự về tội trốn thuế theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 như đã dẫn tại mục 1.2. Kinh nghiệm cho thấy đây là điểm mà nhiều doanh nghiệp FDI và người điều hành đánh giá thấp, cho đến khi đã quá muộn để xử lý chủ động.
3. Những sai lầm phổ biến trong lập hồ sơ giao dịch liên kết
Nhìn lại các vụ thanh tra thuế doanh nghiệp FDI, nguyên nhân dẫn đến truy thu nhiều khi không nằm ở ý định gian lận. Vấn đề thường là hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết được lập không đúng chuẩn, hoặc không khớp với thực tế vận hành.
3.1. Thiếu tính nhất quán giữa hồ sơ nội địa và hồ sơ toàn cầu
Nghĩa vụ lập hồ sơ được quy định tại điểm d khoản 2 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP:
“d) Lập, lưu giữ và cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết là các thông tin, hồ sơ, tài liệu, số liệu, chứng từ gồm:
d.1) Thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này;
d.2) Hồ sơ quốc gia theo danh mục các nội dung thông tin, tài liệu quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định này;
d.3) Hồ sơ toàn cầu theo danh mục các nội dung thông tin, tài liệu quy định tại Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này; (…)”
Khi tập đoàn đã có hồ sơ chuyển giá toàn cầu, doanh nghiệp tại Việt Nam thường mặc nhiên sao chép hoặc dịch lại, mà không rà soát xem phần mô tả chức năng, rủi ro và tài sản trong hồ sơ nội địa có phản ánh đúng hoạt động thực tế tại Việt Nam hay không. Sự vênh nhau giữa hồ sơ và thực tế vận hành chính là chỗ cơ quan thuế khai thác hiệu quả nhất khi thanh tra. Giả sử hồ sơ mô tả doanh nghiệp Việt Nam chỉ thực hiện chức năng sản xuất giản đơn, trong khi trên thực tế doanh nghiệp gánh nhiều rủi ro thị trường hơn thế. Chính sự chênh lệch đó sẽ trở thành căn cứ để cơ quan thuế lập luận rằng mức lợi nhuận được phân bổ cho Việt Nam không tương xứng.
Không phải doanh nghiệp nào cũng phải lập hồ sơ. Khoản 2 Điều 20 Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định các trường hợp người nộp thuế vẫn phải kê khai xác định giá giao dịch liên kết nhưng được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, trong đó có:
“a) Người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết nhưng tổng doanh thu phát sinh của kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ tính thuế dưới 30 tỷ đồng;
(…)
c) Người nộp thuế thực hiện kinh doanh không phát sinh doanh thu, chi phí từ hoạt động khai thác, sử dụng tài sản vô hình, có doanh thu dưới 500 tỷ đồng, áp dụng tỷ suất lợi nhuận thuần chưa trừ chi phí lãi vay và thuế thu nhập doanh nghiệp (không bao gồm chênh lệch doanh thu và chi phí của hoạt động tài chính) trên doanh thu thuần, bao gồm các lĩnh vực như sau:
c.1) Phân phối: Từ 5% trở lên;
c.2) Sản xuất: Từ 10% trở lên;
c.3) Gia công: Từ 15% trở lên. (…)”
Vì vậy, trước khi quyết định không lập hồ sơ, doanh nghiệp FDI cần tự rà soát xem mình có thực sự thuộc một trong các trường hợp này hay không. Nếu không thuộc trường hợp được miễn, việc thiếu hồ sơ là rủi ro trực tiếp khi thanh tra.
3.2. Lựa chọn phương pháp xác định giá không phù hợp thực tế
Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định việc lựa chọn phương pháp xác định giá giao dịch liên kết tại Điều 12 và các phương pháp cụ thể tại Điều 13 (so sánh giá giao dịch liên kết với giá giao dịch độc lập), Điều 14 (so sánh tỷ suất lợi nhuận) và Điều 15 (phân bổ lợi nhuận giữa các bên liên kết). Tuy vậy, phương pháp được chọn phải xuất phát từ bản chất thực tế của giao dịch và khả năng tìm được giao dịch tương đương để so sánh, chứ không phải từ mức lợi nhuận mà doanh nghiệp mong muốn.
Sai lầm hay gặp là chọn phương pháp dễ áp dụng về mặt kỹ thuật nhưng không phù hợp với tính chất giao dịch, hoặc dùng các công ty so sánh không đủ tương đồng. Một khi cơ quan thuế bác bỏ cơ sở so sánh hoặc phương pháp đã chọn, toàn bộ kết quả phân tích mất giá trị. Từ đó, doanh nghiệp mất luôn lập luận để tự bảo vệ trong suốt quá trình giải trình.
4. Khuyến nghị giải pháp phòng ngừa rủi ro pháp lý bền vững
4.1. Rà soát tính tuân thủ pháp lý định kỳ
Doanh nghiệp FDI không nên đợi đến khi nhận quyết định thanh tra mới bắt đầu rà soát hồ sơ giao dịch liên kết. Kiểm tra định kỳ, ít nhất mỗi năm một lần, giúp phát hiện sớm những điểm không nhất quán giữa hồ sơ và thực tế. Việc này cũng giúp cập nhật kịp thời khi cơ cấu tổ chức, chính sách chuyển giá nội bộ của tập đoàn hoặc quy định pháp luật Việt Nam thay đổi.
Nội dung rà soát nên gồm việc kiểm tra tổng chi phí lãi vay theo từng kỳ tính thuế, đánh giá lại các khoản phí quản lý và phí bản quyền đang hạch toán, và xác nhận hồ sơ nội địa phản ánh đúng chức năng cũng như rủi ro thực tế mà doanh nghiệp đang gánh chịu. Có được nền tảng này, doanh nghiệp mới có thể giải trình vững vàng khi cơ quan thuế yêu cầu.
Để có cái nhìn tổng quan hơn về các vấn đề pháp lý của doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài tại Việt Nam, Quý doanh nghiệp có thể tham khảo thêm tại Luật Sư Tiếng Trung.
4.2. Vai trò của luật sư chuyên trách trong việc giải trình thanh tra thuế
Khi cơ quan thuế đã ban hành quyết định thanh tra hoặc kiểm tra thuế, doanh nghiệp bước vào giai đoạn cần hỗ trợ chuyên sâu nhất. Giải trình ở giai đoạn này đòi hỏi kiến thức pháp luật thuế, và hơn thế, đòi hỏi khả năng đọc và phản biện từng lập luận của cơ quan thuế trên một cơ sở pháp lý vững chắc.
Luật sư có kinh nghiệm về thuế và giao dịch liên kết phát huy vai trò rõ nhất ở ba thời điểm. Trước hết là khi chuẩn bị hồ sơ phản hồi yêu cầu cung cấp thông tin của cơ quan thuế. Tiếp đó là khi trực tiếp tham gia giải trình tại buổi làm việc. Sau cùng là khi đánh giá kết luận thanh tra để quyết định khiếu nại hay chấp nhận. Ranh giới giữa hợp tác minh bạch và vô tình thừa nhận sai phạm rất khó nhận ra kịp thời nếu bên cạnh doanh nghiệp không có người am hiểu pháp lý.
Với doanh nghiệp đang chuẩn bị cho một đợt thanh tra, hoặc vừa nhận thông báo kiểm tra liên quan đến rủi ro thuế doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, thời điểm thích hợp để trao đổi với luật sư chuyên trách là trước khi bất kỳ tài liệu nào được cung cấp chính thức cho cơ quan thuế.
Khi nào doanh nghiệp FDI cần liên hệ luật sư chuyên sâu?
Thanh tra thuế doanh nghiệp FDI từ giao dịch liên kết với công ty mẹ là một quy trình nhiều tầng pháp lý, trải từ nghĩa vụ lập hồ sơ, giải trình phương pháp xác định giá đến việc bảo vệ quyền lợi khi bị ấn định thuế hoặc xử phạt. Doanh nghiệp chủ động xây dựng hồ sơ tuân thủ chắc chắn và tìm đến tư vấn pháp lý đúng lúc luôn ở thế phòng thủ tốt hơn nhiều so với doanh nghiệp chỉ xử lý sự vụ khi đã bị truy thu.
Nếu doanh nghiệp của Quý vị đang có giao dịch liên kết xuyên biên giới và chưa chắc về mức độ tuân thủ của hồ sơ hiện tại, hoặc sắp bước vào một cuộc thanh tra, đội ngũ Luật Sư Tiếng Trung sẵn sàng đồng hành trong quá trình rà soát, chuẩn bị hồ sơ và giải trình pháp lý. Liên hệ qua hotline 0912 085 076, email luatsutiengtrung.vn@gmail.com hoặc đến trực tiếp tại Số 29 Đường 55, An Khánh (Thảo Điền, Thủ Đức), Tp.HCM.
Đồng hành cùng doanh nghiệp Việt – Trung
Đội ngũ Luật sư Tiếng Trung – Công ty Luật TNHH Phong Gia tư vấn trực tiếp bằng tiếng Trung, đồng hành cùng doanh nghiệp từ đàm phán, soạn thảo hợp đồng đến giải quyết tranh chấp.
📞 0912.085.076
🌐 luatsutiengtrung.vn
*Lưu ý: Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo và không thay thế cho tư vấn pháp lý chuyên sâu. Do tính chất đặc thù và các tình tiết riêng biệt của mỗi vụ việc, giải pháp thực tế có thể thay đổi tùy thuộc vào hồ sơ và bối cảnh pháp lý tại từng thời điểm. Để nhận phương án tối ưu cho trường hợp của mình, Quý khách vui lòng liên hệ trực tiếp Luật Sư Tiếng Trung để được hướng dẫn cụ thể.
