Thanh tra thuế doanh nghiệp FDI: rủi ro từ giao dịch liên kết với công ty mẹ

Thanh tra thuế doanh nghiệp FDI liên quan đến giao dịch liên kết với công ty mẹ được thực hiện theo quy định về quản lý thuế đối với các giao dịch liên kết, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và áp dụng từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2026. Phần phân tích dưới đây đi thẳng vào những điểm rủi ro mà doanh nghiệp FDI cần nhận diện và xử lý từ sớm.

1. Tại sao giao dịch liên kết với công ty mẹ thường bị thanh tra thuế siết chặt?

Vì giá giao dịch liên kết thuộc diện cơ quan thuế quản lý, kiểm tra (khoản 2 Điều 3 Nghị định 255/2026/NĐ-CP).

1.1. Bản chất của giao dịch liên kết trong doanh nghiệp FDI

Khoản 1 Điều 4 Nghị định 255/2026/NĐ-CP định nghĩa giao dịch liên kết là các giao dịch mua, bán, trao đổi, thuê, cho thuê, mượn, cho mượn, chuyển giao, chuyển nhượng hàng hóa, cung cấp dịch vụ; vay, cho vay, dịch vụ tài chính, đảm bảo tài chính và các công cụ tài chính khác; mua, bán, trao đổi, thuê, cho thuê, mượn, cho mượn, chuyển giao, chuyển nhượng tài sản hữu hình, tài sản vô hình và thỏa thuận mua, bán, sử dụng chung nguồn lực giữa các bên có quan hệ liên kết. Theo điểm a và điểm b khoản 2 Điều 5, các bên có quan hệ liên kết gồm trường hợp một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia, và trường hợp cả hai doanh nghiệp đều có ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp. Doanh nghiệp FDI thuộc tập đoàn nước ngoài còn có nghĩa vụ kê khai chủ sở hữu hưởng lợi, như phân tích tại bài Chủ sở hữu hưởng lợi doanh nghiệp.

Người nộp thuế có giao dịch liên kết phải loại trừ các yếu tố làm giảm nghĩa vụ thuế do quan hệ liên kết chi phối, tác động để kê khai, xác định nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch liên kết tương đương với các giao dịch độc lập có cùng điều kiện (khoản 1 Điều 3 Nghị định 255/2026/NĐ-CP).

1.2. Mục tiêu của cơ quan thuế khi thanh tra chuyển giá

Cơ quan thuế quản lý, kiểm tra đối với giá giao dịch liên kết của người nộp thuế (khoản 2 Điều 3) theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP về quản lý thuế đối với các giao dịch liên kết (thay thế Nghị định 132/2020/NĐ-CP từ ngày 01/7/2026). Thẩm quyền ấn định thuế được quy định tại Điều 21 Nghị định 255/2026/NĐ-CP. Khoản 3 Điều này quy định:

“3. Cơ quan thuế có quyền ấn định mức giá; tỷ suất lợi nhuận; tỷ lệ phân bổ lợi nhuận; thu nhập chịu thuế hoặc số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp đối với người nộp thuế không tuân thủ quy định về kê khai, xác định giao dịch liên kết; không cung cấp hoặc cung cấp không đầy đủ thông tin, dữ liệu kê khai xác định giá giao dịch liên kết trong các trường hợp sau:

a) Người nộp thuế không kê khai, kê khai không đầy đủ thông tin, kê khai sai thông tin hoặc không nộp Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này;

b) Người nộp thuế cung cấp không đầy đủ thông tin Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết quy định tại Phụ lục II, Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này hoặc không xuất trình Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết và các dữ liệu, chứng từ và tài liệu được sử dụng làm căn cứ phân tích, so sánh, xác định giá tại Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo yêu cầu của cơ quan thuế trong thời hạn theo quy định tại Nghị định này. (…)”

Đối với số tiền thuế chậm nộp, mức tính tiền chậm nộp bằng 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp do cơ quan thuế quản lý thu (điểm a khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15). Tội trốn thuế được quy định tại Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 .

2. Các rủi ro trọng yếu khi thanh tra thuế doanh nghiệp FDI

Ba rủi ro: chi phí dịch vụ nội bộ (khoản 2 Điều 16), chi phí lãi vay (khoản 3 Điều 16) và ấn định thuế (Điều 21 Nghị định 255/2026/NĐ-CP).

2.1. Rủi ro từ phí quản lý và phí bản quyền xuyên biên giới

Điều kiện để chi phí dịch vụ giữa các bên liên kết được trừ được quy định tại điểm a khoản 2 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP:

“a) Trừ các khoản chi quy định tại điểm b khoản này, người nộp thuế được trừ các khoản chi phí dịch vụ vào chi phí tính thuế trong kỳ nếu đáp ứng đủ các điều kiện như sau: Dịch vụ được cung cấp có giá trị thương mại, tài chính, kinh tế và phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế; dịch vụ từ các bên liên kết được xác định đã cung cấp trong điều kiện hoàn cảnh tương tự các bên độc lập chi trả cho các dịch vụ này; phí dịch vụ được thanh toán trên cơ sở nguyên tắc giao dịch độc lập và phương pháp tính giá giao dịch liên kết hoặc phân bổ mức phí dịch vụ giữa các bên liên kết phải được áp dụng thống nhất trong toàn tập đoàn đối với loại hình dịch vụ tương tự và người nộp thuế phải cung cấp hợp đồng, chứng từ, hóa đơn và thông tin về phương pháp tính, yếu tố phân bổ và chính sách giá của tập đoàn đối với dịch vụ được cung cấp.”

2.2. Chi phí lãi vay được trừ tối đa bao nhiêu?

Rủi ro thuế của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài còn đến từ cơ cấu tài chính nội bộ tập đoàn. Nhiều doanh nghiệp FDI được cấp vốn chủ yếu bằng khoản vay từ công ty mẹ thay vì vốn góp chủ sở hữu, một cơ cấu thường được gọi là “vốn mỏng”. Lãi vay phát sinh từ các khoản vay này được hạch toán vào chi phí kinh doanh, qua đó làm giảm thu nhập chịu thuế tại Việt Nam. Pháp luật khống chế phần chi phí lãi vay được trừ tại khoản 3 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP:

“3. Tổng chi phí lãi vay được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết:

a) Tổng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ của người nộp thuế được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ cộng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ cộng chi phí khấu hao phát sinh trong kỳ của người nộp thuế;

b) Phần chi phí lãi vay không được trừ theo quy định tại điểm a khoản này được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi xác định tổng chi phí lãi vay được trừ trong trường hợp tổng chi phí lãi vay phát sinh được trừ của kỳ tính thuế tiếp theo thấp hơn mức quy định tại điểm a khoản này. Thời gian chuyển chi phí lãi vay tính liên tục không quá 05 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh chi phí lãi vay không được trừ; (…)”

Phần chi phí lãi vay không được trừ được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo; thời gian chuyển tính liên tục không quá 05 năm (điểm b khoản 3 Điều 16).

2.3. Rủi ro bị ấn định thuế khi không chứng minh được tính thị trường

Bên cạnh các trường hợp không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, cung cấp hồ sơ tại khoản 3 Điều 21 Nghị định 255/2026/NĐ-CP đã trích ở mục 1.2, khoản 2 của Điều này quy định cách thức cơ quan thuế tiến hành ấn định:

“2. Cơ quan thuế căn cứ các nguyên tắc phân tích, so sánh, nguyên tắc và phương pháp xác định giá giao dịch liên kết được quy định tại Nghị định này và các thông tin kê khai nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp có giao dịch liên kết để thực hiện ấn định thuế trong các trường hợp sau:

a) Người nộp thuế vi phạm pháp luật về thuế nhưng thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ: Việc ấn định doanh thu, chi phí hoặc thu nhập chịu thuế để xác định nghĩa vụ thuế được thực hiện theo các nguyên tắc phân tích, so sánh, nguyên tắc và phương pháp xác định giá giao dịch liên kết và cơ sở dữ liệu sử dụng trong quản lý giá giao dịch liên kết quy định tại Nghị định này; (…)”

Như vậy, khi ấn định, cơ quan thuế xác định lại doanh thu, chi phí hoặc thu nhập chịu thuế theo chính các nguyên tắc, phương pháp và cơ sở dữ liệu quy định tại Nghị định 255/2026/NĐ-CP.

3. Những sai lầm phổ biến trong lập hồ sơ giao dịch liên kết

Người nộp thuế phải lập, lưu giữ và cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (điểm d khoản 2 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP).

Khi thanh tra thuế doanh nghiệp FDI, Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết là tài liệu người nộp thuế phải lập, lưu giữ và cung cấp.

3.1. Thiếu tính nhất quán giữa hồ sơ nội địa và hồ sơ toàn cầu

Nghĩa vụ lập hồ sơ được quy định tại điểm d khoản 2 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP:

“d) Lập, lưu giữ và cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết là các thông tin, hồ sơ, tài liệu, số liệu, chứng từ gồm:

d.1) Thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này;

d.2) Hồ sơ quốc gia theo danh mục các nội dung thông tin, tài liệu quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định này;

d.3) Hồ sơ toàn cầu theo danh mục các nội dung thông tin, tài liệu quy định tại Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này; (…)”

Khi tập đoàn đã có hồ sơ chuyển giá toàn cầu, doanh nghiệp tại Việt Nam thường mặc nhiên sao chép hoặc dịch lại, mà không rà soát xem phần mô tả chức năng, rủi ro và tài sản trong hồ sơ nội địa có phản ánh đúng hoạt động thực tế tại Việt Nam hay không. Giả sử hồ sơ mô tả doanh nghiệp Việt Nam chỉ thực hiện chức năng sản xuất giản đơn, trong khi trên thực tế doanh nghiệp gánh nhiều rủi ro thị trường hơn thế. Chính sự chênh lệch đó sẽ trở thành căn cứ để cơ quan thuế lập luận rằng mức lợi nhuận được phân bổ cho Việt Nam không tương xứng.

Không phải doanh nghiệp nào cũng phải lập hồ sơ. Khoản 2 Điều 20 Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định các trường hợp người nộp thuế vẫn phải kê khai xác định giá giao dịch liên kết nhưng được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, trong đó có:

“a) Người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết nhưng tổng doanh thu phát sinh của kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ tính thuế dưới 30 tỷ đồng;

(…)

c) Người nộp thuế thực hiện kinh doanh không phát sinh doanh thu, chi phí từ hoạt động khai thác, sử dụng tài sản vô hình, có doanh thu dưới 500 tỷ đồng, áp dụng tỷ suất lợi nhuận thuần chưa trừ chi phí lãi vay và thuế thu nhập doanh nghiệp (không bao gồm chênh lệch doanh thu và chi phí của hoạt động tài chính) trên doanh thu thuần, bao gồm các lĩnh vực như sau:

c.1) Phân phối: Từ 5% trở lên;

c.2) Sản xuất: Từ 10% trở lên;

c.3) Gia công: Từ 15% trở lên. (…)”

Vì vậy, trước khi quyết định không lập hồ sơ, doanh nghiệp FDI cần tự rà soát xem mình có thực sự thuộc một trong các trường hợp này hay không. Nếu không thuộc trường hợp được miễn, việc thiếu hồ sơ là rủi ro trực tiếp khi thanh tra.

3.2. Lựa chọn phương pháp xác định giá không phù hợp thực tế

Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định việc lựa chọn phương pháp xác định giá giao dịch liên kết tại Điều 12 và các phương pháp cụ thể tại Điều 13 (so sánh giá giao dịch liên kết với giá giao dịch độc lập), Điều 14 (so sánh tỷ suất lợi nhuận) và Điều 15 (phân bổ lợi nhuận giữa các bên liên kết). Theo Điều 12, phương pháp xác định giá giao dịch liên kết được áp dụng phù hợp nguyên tắc giao dịch độc lập, bản chất giao dịch và chức năng của người nộp thuế, và được lựa chọn căn cứ vào đặc điểm của giao dịch liên kết và thông tin dữ liệu sẵn có.

3.3. Tình huống giả định

(Tình huống giả định) Trong kỳ tính thuế năm 2026, một doanh nghiệp FDI có giao dịch liên kết có tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi, lãi cho vay và cộng chi phí khấu hao là 20.000.000.000 đồng; chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay là 8.000.000.000 đồng. Chi phí lãi vay được trừ không vượt quá 30% × 20.000.000.000 đồng = 6.000.000.000 đồng (điểm a khoản 3 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP). Phần 2.000.000.000 đồng không được trừ được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi chi phí lãi vay được trừ của kỳ đó thấp hơn mức 30%, thời gian chuyển tính liên tục không quá 05 năm (điểm b khoản 3 Điều 16).

4. Khuyến nghị giải pháp phòng ngừa rủi ro pháp lý bền vững

Doanh nghiệp nên rà soát hồ sơ giao dịch liên kết định kỳ, ít nhất mỗi năm một lần, trước khi có quyết định thanh tra.

4.1. Rà soát tính tuân thủ pháp lý định kỳ

Doanh nghiệp FDI không nên đợi đến khi nhận quyết định thanh tra mới bắt đầu rà soát hồ sơ giao dịch liên kết. Kiểm tra định kỳ, ít nhất mỗi năm một lần, giúp phát hiện sớm những điểm không nhất quán giữa hồ sơ và thực tế. Việc này cũng giúp cập nhật kịp thời khi cơ cấu tổ chức, chính sách chuyển giá nội bộ của tập đoàn hoặc quy định pháp luật Việt Nam thay đổi. Với nhân sự do công ty mẹ cử sang làm việc, nghĩa vụ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của doanh nghiệp được trình bày tại bài Thuế thu nhập cá nhân người Trung Quốc làm việc tại Việt Nam.

Nội dung rà soát nên gồm việc kiểm tra tổng chi phí lãi vay theo từng kỳ tính thuế, đánh giá lại các khoản phí quản lý và phí bản quyền đang hạch toán, và xác nhận hồ sơ nội địa phản ánh đúng chức năng cũng như rủi ro thực tế mà doanh nghiệp đang gánh chịu. Có được nền tảng này, doanh nghiệp mới có thể giải trình vững vàng khi cơ quan thuế yêu cầu.

Để có cái nhìn tổng quan hơn về các vấn đề pháp lý của doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài tại Việt Nam, Quý doanh nghiệp có thể tham khảo thêm tại Luật Sư Tiếng Trung.

4.2. Hỗ trợ từ Luật sư Tiếng Trung

Khi cơ quan thuế đã ban hành quyết định thanh tra hoặc kiểm tra thuế, doanh nghiệp bước vào giai đoạn cần hỗ trợ chuyên sâu nhất. Giải trình ở giai đoạn này đòi hỏi kiến thức pháp luật thuế, và hơn thế, đòi hỏi khả năng đọc và phản biện từng lập luận của cơ quan thuế trên một cơ sở pháp lý vững chắc.

Luật sư có kinh nghiệm về thuế và giao dịch liên kết phát huy vai trò rõ nhất ở ba thời điểm. Trước hết là khi chuẩn bị hồ sơ phản hồi yêu cầu cung cấp thông tin của cơ quan thuế. Tiếp đó là khi trực tiếp tham gia giải trình tại buổi làm việc. Sau cùng là khi đánh giá kết luận thanh tra để quyết định khiếu nại hay chấp nhận.

Với doanh nghiệp đang chuẩn bị cho một đợt thanh tra, hoặc vừa nhận thông báo kiểm tra liên quan đến rủi ro thuế doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, thời điểm thích hợp để trao đổi với luật sư chuyên trách là trước khi bất kỳ tài liệu nào được cung cấp chính thức cho cơ quan thuế.
Thanh tra thuế doanh nghiệp FDI từ giao dịch liên kết với công ty mẹ là một quy trình nhiều tầng pháp lý, trải từ nghĩa vụ lập hồ sơ, giải trình phương pháp xác định giá đến việc bảo vệ quyền lợi khi bị ấn định thuế hoặc xử phạt.

Nếu Quý doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ hoặc trao đổi về vấn đề nêu trong bài, đội ngũ Luật sư Tiếng Trung có thể hỗ trợ và làm việc trực tiếp bằng tiếng Trung; xem thêm tại dịch vụ luật thuế và kế toán.

5. Câu hỏi thường gặp

5.1. Cơ quan thuế có quyền ấn định thuế khi doanh nghiệp không nộp Phụ lục I về giao dịch liên kết không?

Có. Điểm a khoản 3 Điều 21 Nghị định 255/2026/NĐ-CP cho cơ quan thuế quyền ấn định mức giá, tỷ suất lợi nhuận, tỷ lệ phân bổ lợi nhuận, thu nhập chịu thuế hoặc số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp khi người nộp thuế không kê khai, kê khai không đầy đủ, kê khai sai thông tin hoặc không nộp Phụ lục I.

5.2. Phí dịch vụ trả cho công ty mẹ có được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp không?

Có, nếu đáp ứng đủ điều kiện tại điểm a khoản 2 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP: dịch vụ có giá trị thương mại, tài chính, kinh tế và phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất kinh doanh; phí thanh toán theo nguyên tắc giao dịch độc lập; người nộp thuế cung cấp hợp đồng, chứng từ, hóa đơn và thông tin về phương pháp tính.

5.3. Chi phí lãi vay của doanh nghiệp có giao dịch liên kết được trừ tối đa bao nhiêu?

30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ cộng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ cộng chi phí khấu hao phát sinh trong kỳ. Mức khống chế này quy định tại điểm a khoản 3 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP.

5.4. Phần chi phí lãi vay không được trừ có được chuyển sang kỳ tính thuế sau không?

Có. Điểm b khoản 3 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP cho chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi tổng chi phí lãi vay được trừ của kỳ đó thấp hơn mức quy định tại điểm a. Thời gian chuyển tính liên tục không quá 05 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh chi phí lãi vay không được trừ.

5.5. Doanh nghiệp doanh thu dưới 50 tỷ đồng có phải lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết không?

Không phải lập, nếu tổng doanh thu của kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết trong kỳ dưới 30 tỷ đồng. Theo điểm a khoản 2 Điều 20 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, người nộp thuế trong trường hợp này vẫn phải kê khai xác định giá giao dịch liên kết.

5.6. Doanh nghiệp FDI có phải lập cả hồ sơ quốc gia và hồ sơ toàn cầu không?

Có. Điểm d khoản 2 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định nghĩa vụ lập, lưu giữ và cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, gồm thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo Phụ lục I, hồ sơ quốc gia theo Phụ lục II và hồ sơ toàn cầu theo Phụ lục III.

*Lưu ý: Nội dung bài viết chỉ mang tính tham khảo và không được xem là ý kiến tư vấn pháp lý cho bất kỳ vụ việc cụ thể nào. Để biết thêm chi tiết, hãy liên hệ Luật sư!